Une ambiguïté marquée subsiste lorsqu’il s’agit de faire la distinction entre les termes « allergie alimentaire » et « intolérance alimentaire ». Les gens utilisent d’emblée le vocable « allergie alimentaire » pour qualifier une réaction d’hypersensibilité qui engendre les symptômes classiques d’une allergie (par ex. urticaire, asthme, eczéma, etc.). Plusieurs emploient le terme « intolérance alimentaire » en faisant référence aux réactions différées d’hypersensibilité de type III aux aliments. Pour ces dernières, les symptômes se manifestent des heures, voire des jours après l’ingestion d’aliments et on les associe rarement ou vaguement à une allergie (par ex. syndrome du côlon irritable, migraine, dépression, fatigue, sentiment de ‘malaise général’).